2001年索南仁波切謹承貝諾法王教諭，常駐於台灣與此地廣大眾生廣結法緣，更期望一步一腳印的佛行事業順利無礙，利益一切眾生，將寧瑪巴傳承中種種殊勝的法門，如一股清流傳入台灣，使聖教不衰，眾生皆得安樂。

自2001年抵台，仁波切紮實地在南台灣耕耘弘揚佛法，後由貝諾法王指派到台南成立台南白玉中心。中心起初是承租於台南市建平八街大廈中，該年成立第一屆佛學會，並於市政府登記立案。貝諾法王於2003年抵中心開光與弘法「大悲勝海紅觀音與大白傘蓋佛母除障法會」。2003年法會圓滿之際，貝諾法王親自在法會上表達：「此次法會中心常駐索南多傑仁波切與工作人員安排的非常好。我感到非常高興，我再此表達謝謝。索南多傑仁波切是很好的上師，大家有這機緣是很難得的，大家要好好把握有這樣的機緣。實修是很重要，諸位要到中心接觸，要有為佛法的精神。大家要正確的求法、具信心求法，即能如意健康長壽、去除障礙等等。大家為佛法付出與供養，都可讓自己此世長壽，如此奉獻都具有佛法功德。台灣政府與民間都很護持中心，亦都很慷慨。我再此表達謝意。奉獻所得到的功德，需要迴向，迴向給一切眾生，如同種子一般會一直增長。我們要迴向此世與來世，一切順心圓滿，並獲得佛陀果位。」

以上是法會圓滿之際，貝諾法王親自讚美台南中心索南仁波切與中心弟子們，肯定法會期間弟子們為法會的用心準備。法王嘉勉弟子之餘，也表達台南中心索南仁波切是很好的上師，弟子們應多多親近中心。
爾後，為能讓往後法會更殊勝圓滿的進行，貝諾法王特別希望索南仁波切能找到永久的道場。在殊勝的因緣及十方信善鼎力協助下，百般尋覓下終於在2006年找到目前所在位址永華二街140號。

成立與整建

2006年十月七日與八日貝諾法王親臨中心為中心開光與主法緣起災患全消灌頂。

索南仁波切將此處做為 貝諾法王台南白玉中心永久道場。 中心整建於2007年3 月動工迄今，仁波切為求台南白玉中心可提供信眾八關齋戒之住所，特別規劃住宿與衛浴等設備。施工啟自內部結構的樑柱、法王專屬房間、僧眾房間與防水設施…等。甚至仁波切不辭千里迢迢自尼泊爾運回莊嚴珍貴的釋迦牟尼佛大佛像、千手千眼觀世音菩薩佛像與轉經輪。此外，仁波切聘請專人丈量打造數座壇城與手工繪圖。2010年整建中心自一樓到五樓的外觀，以西康白玉祖寺為基，希建構藏寺風格的寺院，廣揚藏密佛法。仁波切在艷陽天親自爬上五樓高的鷹架監工，期間的辛勞非筆墨可擬。

迄今中心佛堂牆壁的佛畫與精美繪圖巧思，皆受自仁波切的用心耕耘，點點滴滴的變化，紀錄著中心的成長，更傳遞著常駐索南仁波切的用心付出與非凡毅力。過程也感謝十方的護持，聚錙銖成大海，讓貝諾法王台南白玉中心接引十方有緣信眾領受佛法，因由於弟子善信們的長期護持，更圓滿且成就佛法功德。